چند صباحى كه از حكومت حضرت گذشت، دنياپرستان و كسانى كه خواهان تبعيض و بى‌عدالتى بودند و خود را برتر از ديگران مى‌شمردند و تحمّل عدالت على(عليه السلام)را نداشتند و نيز كسانى كه در حكومت على(عليه السلام) مطامع شيطانى و حكومت غاصبانه و غير مشروع خويش را در خطر مى‌ديدند و نيز انسانهاى به ظاهر زاهد و عابدى كه عارى از بينش و درك صحيح و روشن از محتواى اسلام بودند و سطحى‌نگرى و تحجّر آنان مانع از درك منطق قوى على(عليه السلام) گشته بود، گروهى پس از گروهى ديگر به آشوب و شورش پرداختند و جنگ جمل، صفّين و در نهايت جنگ نهروان را بر حضرت تحميل كردند. اينجا حضرت به عنوان حاكم اسلامى كه حكومت و احكام و قوانين الهى را در خطر مى‌ديد چه وظيفه‌اى داشت؟ آيا حضرت بايد دست روى دست مى‌گذاشت و تماشا مى‌كرد و جلوى آشوبگران را نمى‌گرفت، چون خشونت محكوم و مذموم است؟
اما حضرت براى حفظ حكومت اسلامى و كيان اسلام شمشير كشيد و با ياغيان و سركشان جنگيد و در جنگ جمل برخى از اصحاب پيامبر و حتّى طلحه و زبير كه سالها در ركاب پيامبر شمشير زده بودند، به قتل رسيدند. با اين كه زبير پسر عمه حضرت بود و به پاس جانفشانى‌ها و رشادت‌هايش در ركاب پيامبر، آن حضرت او را دعا كرده بودند. حضرت نفرمود: زبير، تو پسر عمّه من هستى، بيا با هم دوست باشيم و من با تو كنار مى‌آيم و خواسته‌ات را تأمين مى‌كنم. بلكه حضرت بر اين عقيده بود كه حكومتش بر حق است و كسانى كه به طغيان و سركشى و مخالفت با آن نظام بر مى‌خيزند، بايد سركوب شوند. لذا وقتى به مخالفت و سركشى پرداختند، آنها را ارشاد و نصحيت كرد؛ وقتى نپذيرفتند، با شمشير آنان را سر جاى خود نشاند و گروهى را به قتل رساند. چرا كه حضرت حق خدا و مسلمانان را بالاتر از مطامع شخصى افراد مى‌ديد و براى حفظ نظام اسلامى لازم ديد كه خشونت نشان بدهد؛ چون براى حفظ نظام اسلامى اِعمال خشونت و شدّت عمل را واجب مى‌دانست.
9. هشيارى مردم در مقابل توطئه‌گران و مزدوران
قبل از انقلاب اسلامى كه هنوز حكومت اسلامى تشكيل نشده بود، امام خمينى(قدس سره) نيز با