درآمد. با اين حال، مرحوم آيت اللّه العظمى خوانسارى آن زمان فرمودند: شركت در اين رفراندوم در حكم محاربه با امام زمان(عليه السلام)است. از نظر ايشان هر كس در رفراندوم شاه شركت مى‌كرد همانند كسى بود كه تير به قلب امام زمان(عليه السلام)شليك نمايد. امام خمينى(رحمه الله) نيز نهضت خويش را در مخالفت با انجمن‌هاى ايالتى و ولايتى و كاپيتولاسيون شروع كردند. علت اين همه مخالفت با لوايح شش گانه شاه چه بود؟ چون كار شاه توطئه‌اى براى رسميت بخشيدن به چند مذهب ديگر و حذف اسلام به عنوان مذهب رسمى بود. بر اساس مصوبه دولت درباره مجالس ايالتى و ولايتى، لازم نبود افرادِ منتخب، مسلمان باشند؛ يعنى افراد مسيحى، زرتشتى يا يهودى نيز مى‌توانستند نماينده مردم مسلمان باشند! به دنبال آن، پيشنهاد شد وقتى نماينده، غيرمسلمان باشد، بنابراين لازم نيست به قرآن كريم قَسَم ياد نمايد، چه اين كه قَسَم ياد كردنِ فرد يهودى به قرآن كريم بى‌معنا است.
البته اين سخن، بر اساس مبانى فرهنگ جهانى، توجيهِ روشن و معقولى داشت. آنان مى‌گفتند هيچ گاه نمى‌توان فرد يهودى يا مسيحى را ملزم به سوگند به قرآن كريم نمود. هم‌چنين هيچ فرقى بين شهروند مسلمان و غيرمسلمان نيست و همه مساوى هستند و «ايران براى همه ايرانيان» است.
اما حقيقت اين بود كه كاسه‌اى زير نيم‌كاسه قرار داشت و لوايح شش‌گانه شاه پوششى براى حذف اسلام بود. ظاهر لوايح شش‌گانه نه تنها در نظر توده جامعه و مردم كوچه و بازار مشكل و مسأله‌اى نداشت، بلكه بسيارى از خواص هم خطر آن را احساس نمى‌كردند. اما امام خمينى(رحمه الله) متوجه توطئه خطرناك شاه شده بودند و سخنرانى معروف و آتشين خود را ايراد فرمودند. آن بزرگوار خطاب به حوزه‌هاى علميه فرمودند: اى قم! اى مشهد! اى نجف! چرا ساكت نشسته‌ايد؟ و اللّه مرتكب گناه كبيره است كسى كه فرياد نزند، من احساس خطر مى‌كنم.
در آن زمان هيچ گاه شاه با صراحت خواهان حذف اسلام به عنوان دين رسمى نبود، و يا در سخنان خويش خواهان ترك ضروريات، حدود و احكام جزايى اسلام نشده بود و اساساً جرأت نمى‌كرد سخنانى از اين قبيل اظهار كند، كه «تاريخ مصرف احكام اسلام گذشته است!» شاه فقط گفته بود كه لازم نيست نماينده انجمن‌هاى ايالتى و ولايتى مسلمان باشد يا به قرآن كريم قَسَم ياد نمايد. با اين حال، امام خمينى(رحمه الله) احساس خطر نمود و سخنرانى‌هاى ايشان مبنايى براى آغاز نهضت اسلامى گشت. تظاهرات و اعتصاب‌هاى مردم به اوج خود رسيد و در نهايت دولت «عَلَم» مجبور به پس گرفتن اين مصوبه شد.