به عنوان نمونه، امام خمينى(رحمه الله) در حكم رياست جمهورى شهيد رجايى مى‌نويسند:
«... ملت شريف و متعهد ايران... با اكثريت قاطع افزون از دوره سابق، جناب آقاى محمد على رجايى ايده الله تعالى را به رياست جمهورى كشور اسلامى ايران برگزيده و اين مسئوليت بزرگ و بار سنگين را به عهده او گذاشته است و چون مشروعيت آن بايد با نصب فقيه ولى امر باشد، اين جانب رأى ملت را تنفيذ و ايشان را به سمت رياست جمهورى اسلامى ايران منصوب نمودم»(126).
ج) فرمان تشكيل مجمع تشخيص مصلحت نظام از سوى امام راحل(رحمه الله)(127) در تاريخ 17/11/1366، در حالى كه وجود چنين مجمعى و يا اختيارات تشكيل آن در قانون اساسى و در ضمن اختيارات رهبر ـ تا قبل از بازنگرى 1368 ـ پيش‌بينى نشده بود.
بنابر اين امام خمينى(رحمه الله) هم در مقام نظر معتقد به «ولايت مطلقه فقيه» بودند و هم در مقام عمل آن را اعمال نمودند.
تشكيك در ولايت مطلقه از سوى بدانديشان
گروهى از مخالفان و بدانديشان، جهت منحرف ساختن مردم و جوانان و مغشوش ساختن ذهن آنها و وارونه نشان دادن تئورى ولايت فقيه در نزد مردم، مغالطه‌هايى را صورت داده‌اند: ابتدا در كلمه «ولايت» تشكيك مى‌كنند و مى‌گويند ولايت در مورد اطفال و سفيهان است. «ولىّ» يعنى «قيّم» و اطفال و سفيهانى كه از عقل و تدبير كافى براى اداره زندگى روزمره خود برخوردار نيستند، نياز به قيم دارند. پس آن كسى كه تئورى ولايت فقيه را مطرح مى‌كند، بواقع مردم را سفيه و نيازمند قيم مى‌داند.
اين مغالطه بسيار بيّن و روشن است و چنانكه ولايت اهل بيت(عليهم السلام) به معناى قيموميت آنها بر مردم و نياز مردم به قيم نيست، در اينجا نيز «ولايت» عيناً به مفهوم حكومت به كار مى‌رود و معناى آن، تدبير امور اجتماعى و مديريت كلان جامعه است. «ولايت فقيه» به اين معناست كه اشخاص از طرف خداوند مأذون هستند كه امور كلان