حضرت امام در پاسخ به تلگراف تسليت علماي تهران چنين نوشت:
«حملهٔ كماندوها و مأمورين انتظامي دولت با لباس مبدّل و به معيّت و پشتيباني پاسبان‌ها به مركز روحانيت، خاطراتِ مغول را تجديد كرد؛ با اين تفاوت كه آن‌ها به مملكت اجنبي حمله كردند و اين‌ها به ملّت مسلمان خود و روحانيين و طلاّب بي‌پناه. در روز وفات امام صادق(عليه السلام) با شعار جاويد شاه به مركز امام صادق(عليه السلام) و به اولاد جسماني و روحاني آن بزرگوار حملهٔ ناگهاني كردند و در ظرف يكي دو ساعت، تمام مدرسه فيضيه، دانشگاه امام زمان(عليه السلام) را با وضع عجيبي در محضر قريب بيست هزار مسلمان غارت نمودند و درب‌هاي تمام حجرات و شيشه‌ها را شكستند. طلاّب از ترس جان، خود را از پشت‌بامها به زمين افكندند، دست‌ها و سرها شكسته شد؛ عمامهٔ طلاّب و سادات ذريهٔ پيغمبر را جمع نموده، آتش زدند؛ بچه‌هاي شانزده ـ هفده ساله را از پشت‌بام پرت كردند؛ كتاب‌ها و قرآن‌ها را، چنان‌كه گفته شد، پاره كردند...».(120)
10. دستگيري امام خميني(رحمه الله) و کشتار 15 خرداد
با فرا رسيدن عاشوراي 1383 ق، امام خميني(رحمه الله) در عصر 13 خرداد 1342، به فيضيه آمد و در جمع هزاران نفر از مردمي كه از تهران و ديگر شهرستان‌ها و روستاها به قم آمده بودند سخنراني پرشوري كرد و وضعيت زمانهٔ خود را با روزگار امام حسين(عليه السلام) و حكومت بني‌اميه مقايسه كرد و هدف رژيم پهلوي را همان هدف دستگاه بني اميه؛ يعني نابود ساختن اصل اسلام دانست. امام خميني‌قدس سره، به شاه هشدار داد كه در صورت ادامهٔ اين روند، او را از كشور بيرون خواهد راند.(121)