نظريه دكارت از طرف برخى فيلسوفان معاصر مورد اعتراض واقع شد كه چگونه ممكن است مفاهيمى از قبيل «مفهوم خدا» و «مفهوم روح» به‌طور فطرى درك شود؟ آيا مثلا يك نوزاد هم اين «مفاهيم» را درك مى‌كند؟ مگر چنين نيست كه درك يك مفهوم، آن هم مفاهيمى از اين قبيل، به بلوغ خاص عقلى نياز دارد؟ دكارت در جواب، اين گونه توضيح مى‌دهد كه منظور من از فطرى بودن بعضى از مفاهيم، اين است كه استعداد درك آن مفاهيم در انسان وجود دارد؛ يعنى، ذهن انسان به گونه‌اى خلق شده است كه اگر شرايط براى آن آماده شد خود به خود اين مفاهيم را درك خواهد كرد. پس آنچه در ابتداى خلقت انسان وجود دارد فقط استعداد درك مفاهيم است، ولى به تدريج اين استعداد به مرحله فعليت مى‌رسد و مفاهيم را خود به خود درك مى‌كند و احتياج ندارد كه آنها را از راه حس دريافت كند، بلكه وقتى روح قدرت تعقل پيدا كرد، خود به خود اين مفاهيم را در مى‌يابد.
مقصود از اين گفته‌ها تنها اشاره‌اى به اعتقاد دكارت در مورد فطرت بود و همچنين توجهى به اين نكته كه فرق بين فطرت در اصطلاح ايشان با فطرت در اصطلاح ما چيست. آيا اين كه دكارت مى‌گويد شناخت مفهوم خدا فطرى است، با گفته ما كه مى‌گوييم: خداشناسى فطرى است يكسان است؟
تفاوت دو ديدگاه در مورد «فطرت»
با توضيح زير روشن خواهد شد كه بين فطرى بودن خداشناسى در اصطلاح ما با فطرى بودن مفهوم خدا در اصطلاح دكارت فاصله بسيار زيادى است. ادعاى ما اين نيست كه «مفهوم خدا» فطرى است، بلكه مقصود از خداشناسى فطرىْ شناخت و معرفت شهودى و حضورى است. براى تبيين بيشتر، توضيح كوتاهى لازم است: فلاسفه اسلامى و همچنين بعضى از فلاسفه غربى، معتقدند كه ادراك واقعيات به وسيله انسان از دو راه صورت مى‌گيرد: 1. «يافتنِ» خودِ واقعيت به